Plusieurs mois se sont passés depuis la dernière bataille qui opposa la cité d'Atlantis aux Wraiths. Grâce à cette victoire sur l'ennemi, les diverses populations on put regagner leurs terres d'origines, reprendre une vie normale sans avoir la crainte de se voir sélectionner de nouveau. La cité d'Atlantis a finit par regagner la galaxie de Pégase et sa planète d'origine grâce aux équipes SG qui avaient pour objectif de trouver des extracteurs du potentiel de point zéro afin de fournir l'énergie nécessaire pour regagner la galaxie.

Rien n'avait vraiment changé depuis l'ouverture du programme Porte des Etoiles. Les gouvernements se sont accordés à ne pas dévoiler l'existence de la Porte car ils jugeaient que l'espèce humaine n'était pas encore prête pour entendre ce genre de nouvelles. Certains pays s'opposèrent à cette décision, jugeant que c'était sous-estimer l'espèce humaine. Mais, ce fut la loi du silence qui eut gain de cause. Et peut-être que cela était mieux ainsi? Certains pays se faisaient encore la guerre et étaient de ce fait instables! Annoncer l'existence de la Porte des Etoiles, d'extraterrestres, présentait un risque de mettre encore plus le feu aux poudres et les gouvernement se refusaient à essuyer de nouvelles guerres. D'un commun accord, le Programme demeura secret et les explorations reprirent leur court. Les héros qui avaient combattus vaillamment les Wraiths reprirent leur service.

La cité quant a elle, était toujours habitée. Les équipes militaires et civiles poursuivaient leurs travaux pour essayer d'en apprendre toujours plus sur les nombreuses planètes présentes dans l'univers ainsi que sur les Anciens. Malheureusement, ces derniers ne sont toujours pas réapparut mais les équipes ne perdent pas espoir! En attendant le retour des fondateurs de la Porte des Etoiles, les équipes SG firent de nombreuses découvertes aussi bien technologiques que médicales. Les gouvernements intégrèrent petit à petit ces avancées pour améliorer le quotidien des terriens à présents qu'ils avaient assez de recule.

Depuis les Wraiths et les Asurans, il n'y a pas eut de nouvelles menaces mais…l'univers est immense et le danger n'est jamais bien loin, ce n'est qu'une question de temps avant qu'il ne frappe à votre porte! D'ailleurs, c'est ce qu'il se passa…un jour en visitant une planète, qui bordait la galaxie d'Andromède, une équipe SG tomba nez à nez avec une race qu'ils n'avaient jamais vue: Les Zorlaks.

Ce peuple alien extrêmement avancé technologiquement, est à l'origine de la destruction d'un bon nombre de planètes dans la galaxie d'Andromède…C'est un peuple extrêmement violent et dénué de toute compassion à l'égard des autres espèces qu'ils jugent inférieures. Jusque là, leurs vaisseaux n'avaient pas quittés la galaxie d'Andromède mais après leur rencontre fortuite avec les équipes SG, ils ont décidé de conquérir un nouveau terrain de jeu, la galaxie de Pégase. Les buts des Zorlaks? Assouvir leur goût du carnage, piller les ressources d'énergies au cœur même des planètes, et les laisser complètement exsangues, stériles après avoir chassé et tué tous les peuples occupant ces planètes. Après un semblant de paix, la galaxie de Pégase, ainsi que ces peuples se retrouvent sous la menace d'un nouvel ennemi aussi terrifiant que les Wraiths.